нет, не может. ты же сам сказал, что все поменял - диски, колодки, направляющие... в тормозной системе теперь полный фен-шуй. осталось проверить ступицу.
можешь ещё попробовать наждачкой меленькой пройтись по торцевой поверхности ступицы и по посадочной плоскости диска. иногда на ступице спрессовывается приличное количество ржи, которая и вызывает биение.